En el campo de Investigación, la fortaleza de la institución y su equipo de profesionales es el de generar información para la toma de decisiones y para la acción. CESNI se enfoca en 3 principales áreas: 

Epidemiología alimentaria y nutricional: la epidemiología alimentaria nutricional es el estudio de los determinantes relacionados a la nutrición en la salud de la población, cuyo objetivo principal es el monitoreo de: consumo de alimentos, ingesta de nutrientes y el estado nutricional. En esta área, en los últimos años hemos participado en el diseño y análisis de datos primarios y secundarios, y en diversos consorcios de investigadores (NCD-Risk, GDD, FAO Gift), aportando datos obtenidos o procesados por la institución a partir de otras fuentes. 

Entornos alimentarios: el entorno alimentario hace referencia a todos los espacios, infraestructuras y circunstancias en que se encuentran, obtienen, compran o consumen alimentos (por ejemplo, pequeñas tiendas, quioscos, cantinas, vendedores de alimentos, máquinas expendedoras), y al contenido nutricional de esos alimentos. También incluye toda la información disponible, la promoción y el precio de los alimentos. 

CESNI ha realizado investigaciones sobre la publicidad y el marketing de alimentos y bebidas en medios de comunicación tradicional y no tradicionales. También sobre la oferta de alimentos en el ámbito escolar y en el radio por fuera de las escuelas.  

Cuidados tempranos: en los primeros años de vida, además de una buena alimentación es necesario que se brinden los estímulos para aprender y crecer en un ambiente de crianza seguro, sensible y receptivo a las necesidades del niño o niña durante los primeros años de vida, contribuyen a que la niñez se desarrolle de manera óptima y se prepare para la escuela, aprenda mejor, sea más saludable, tenga mejores ingresos a futuro y participe plenamente en la sociedad. Esto es especialmente importante para la niñez que vive en situaciones de pobreza y vulnerabilidad.